국고보조금 자체는 부가가치세 환급 대상이 아닙니다. 다만 사업자가 과세사업에 사용할 목적으로 수소트럭을 구입하고 부담한 부가가치세는 별도의 요건을 갖추면 매입세액으로 공제받아 환급될 수 있습니다.
보조금의 부가가치세 처리는 보조금이 재화·용역을 공급한 대가인지로 판단합니다. 차량 구매를 지원받고 국가나 지방자치단체에 그 대가로 재화·용역을 제공하지 않는다면, 보조금은 통상 공급가액에 포함되지 않습니다. 반대로 보조금 지급 조건으로 국가 등에 용역이나 결과물을 제공하기로 했다면 과세 여부가 달라질 수 있습니다.
차량 구입 때 낸 부가가치세를 공제받으려면 차량이 사업을 위해 사용되거나 사용될 목적이어야 하고, 세금계산서 등 적격 증빙을 갖춰야 합니다. 또한 사업과 무관한 지출, 면세사업에 사용한 부분 등 법에서 정한 매입세액 불공제 사유에 해당하면 공제되지 않습니다. 과세사업과 면세사업에 함께 사용하고 사용처를 나눌 수 없다면 공통매입세액 안분 문제가 생길 수 있습니다.
따라서 보조금 교부조건과 차량 구입 세금계산서, 실제 사용처를 각각 확인하셔야 합니다. 보조금이 차량 가격을 지원한다는 사실만으로 차량 매입 부가가치세가 자동 환급되거나 공제에서 제외되는 것은 아닙니다. 실제 환급 여부는 매출세액보다 공제 가능한 매입세액이 큰지 등 해당 과세기간의 신고 결과에 따라 정해집니다.