대용치로 안분한 공통매입세액은 실제 공급가액이나 사용면적이 확정된 과세기간의 확정신고 때 정산하며, 예정신고기한에 별도로 최종 정산하지 않습니다.
부가가치세법 시행령 제81조제4항·제5항에 따라 공급가액이 없거나 한쪽 사업의 공급가액이 없는 경우에는 정해진 순서에 따라 매입가액 비율, 예정공급가액 비율 또는 예정사용면적 비율로 안분할 수 있습니다. 건물·구축물의 예정사용면적을 기준으로 안분한 경우에는 과세·면세 사용면적이 확정될 때까지 그 기준을 적용합니다.
그 뒤 실제 공급가액 또는 사용면적이 확정되면 시행령 제82조에 따라 확정신고에서 다시 계산합니다. 예정신고를 하는 기간에는 그 예정신고기간의 면세 공급가액 비율 또는 면세 사용면적 비율로 안분하고, 해당 과세기간의 확정신고에서 정산합니다. 따라서 예정신고기한에는 잠정 안분을 반영할 수 있지만, 대용치와 확정치의 차이를 최종 정산하는 시점은 확정신고입니다.
예를 들어 예정공급가액 비율로 먼저 공제액을 계산했더라도, 과세사업과 면세사업의 공급가액이 실제로 확인되는 과세기간에는 그 기간의 확정된 비율로 공통매입세액을 다시 계산하고 이미 공제한 세액과의 차이를 반영합니다. 공급가액이 아니라 예정사용면적 비율을 적용한 경우도 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고에서 정산합니다.
정산 결과 가산하거나 공제할 세액은 확정신고 납부세액에 반영합니다. 확정신고는 과세기간 종료 후 25일 이내 해야 합니다(부가가치세법 제49조제1항).
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