매입세액 안분 계산 시 불공제 차량에 대한 불공제 매입세금계산서는 제외해야 하나요?

비영업용 승용자동차의 구입·임차·유지비처럼 법에서 매입세액 공제를 금지한 차량 관련 세금계산서의 부가가치세액은 공통매입세액 안분 대상에서 제외하고, 전액 불공제합니다.

안분은 과세사업과 면세사업 등에 함께 사용되고, 어느 사업에 귀속되는지 구분하기 어려운 공제 가능한 매입세액에 적용합니다. 따라서 먼저 차량 매입세액이 공제 가능한지 판단한 뒤, 불공제 대상이면 공통매입세액에 넣지 않습니다. 안분식의 분모인 총공급가액에도 이 매입세액을 더하는 것은 아닙니다. 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 과세사업·면세사업 등의 공급가액으로 계산합니다.

다만 차량이 운수업·자동차판매업 등에서 직접 영업에 사용되는 경우처럼 법령상 예외에 해당하거나, 애초에 해당 차량이 불공제 대상 차량이 아닌 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다. 그때 해당 매입세액이 과세·면세사업에 공통으로 사용되고 실지귀속을 구분하기 어렵다면, 일반적인 공통매입세액 안분 규칙을 검토합니다.

실무에서는 차량 관련 세금계산서의 매입세액을 공통매입세액 집계에서 먼저 빼고, 나머지 공통매입세액에 대해 면세공급가액 비율 등을 적용하시면 됩니다. 공제받지 못할 매입세액이 있으면 부가가치세 신고 때 공제받지 못할 매입세액 명세서도 제출 대상입니다.