과세사업 비중이 2%에 불과하더라도 면세사업자가 과세사업을 추가하면 사업자등록 정정신고를 해야 합니다.
부가가치세법 시행령 제11조제10항은 면세사업자로 등록한 사람이 과세사업을 추가하려는 경우 사업자등록 정정신고서를 제출하면 과세사업 등록신청을 한 것으로 보도록 정하고 있습니다. 정정신고는 시행령 제14조제1항에 따라 지체 없이 제출해야 합니다. 과세사업이 매출의 몇 퍼센트인지에 따라 정정 의무가 없어지는 예외는 제시된 규정에 없습니다.
정정신고는 관할 세무서에 제출하거나 국세정보통신망으로 할 수 있습니다. 시행령 제14조제2항에 따라 사업자등록증을 첨부하고, 변경 내용에 따라 관련 첨부서류도 제출해야 합니다. 다만, 제14조제2항의 적용은 신고서 제출일에 따라 달라질 수 있으므로, 실제 제출 시점의 첨부 요건을 확인하시는 것이 안전합니다.
면세 98%·과세 2%라는 비율은 등록 정정 의무와 별개입니다. 매입세액 안분에서 면세공급가액이 총공급가액의 5% 미만인 경우 공통매입세액을 전액 공제하는 예외가 있지만, 이는 매입세액 공제 계산에 관한 기준입니다. 질문처럼 면세 비중이 98%라면 그 예외에도 해당하지 않습니다. 따라서 과세사업을 실제로 추가하는 경우에는 비중과 관계없이 정정신고를 하셔야 합니다.