사업장단위과세가 아닌 본점과 지점의 사업자등록증이 각각 있는 경우, 지점 직원의 인건비를 본점 직원과 합산하여 신고해도 문제가 없나요?

사업자단위과세 등록이 없더라도 지점이 독립적으로 회계처리하지 않는다면 지점 직원 급여의 원천징수 신고·납부를 본점에서 함께 할 수 있습니다. 다만, 지점이 독립채산제로 회계처리한다면 본점에서 신고하는 데 별도 요건이 필요합니다.

판단 기준은 사업자등록증이 본점·지점별로 따로 있는지보다, 지점이 독립채산제로 회계처리하는지와 본점 일괄 신고 요건을 갖췄는지입니다. 사업자단위과세 등록이 되어 있지 않다는 사실만으로 본점 신고가 금지되는 것은 아닙니다.

• 지점이 급여·회계를 본점에서 통합 관리하고 독립채산제로 처리하지 않는 경우: 법인의 원천징수세액 납세지는 원칙적으로 본점 또는 주사무소 소재지이므로 본점에서 신고할 수 있습니다.
• 지점이 독립채산제로 회계처리하는 경우: 원칙적으로 해당 지점 소재지가 원천징수세액의 납세지입니다. 이때 본점에서 지점 급여의 원천징수세액을 일괄 계산하고 본점 관할 세무서장에게 신고했다면 본점 소재지를 납세지로 할 수 있습니다. 사업자단위과세 등록도 별도의 본점 신고 근거가 될 수 있지만, 질문처럼 등록되어 있지 않다면 그 근거는 적용되지 않습니다.

따라서 지점이 독립채산제라면 단순히 본점 직원 급여와 합산해 신고하는 것만으로 충분하다고 보기 어렵습니다. 본점 일괄계산 신고를 한 사실이 있는지 확인하시고, 해당 요건이 없다면 지점 관할로 신고하는 방식이 원칙에 맞습니다. 반대로 지점이 독립채산제가 아니라면 본점에서 신고할 수 있습니다.

원천징수한 소득세는 원칙적으로 징수한 달의 다음 달 10일까지 신고·납부합니다. 반기 납부는 상시고용인원 등 요건을 갖추고 승인 또는 지정을 받은 경우에만 가능합니다. 급여 신고의 납세지를 본점으로 정하는 문제와 급여를 어느 사업장의 비용으로 회계처리하는 문제는 별개이므로, 장부상 인건비 귀속도 실제 근무 사업장과 급여 부담 관계에 맞게 기록하시는 것이 좋습니다.