법인 매입 건에 대해 세금계산서를 이미 받으신 뒤 대금을 카드로 결제했다면, 매입세액은 세금계산서를 기준으로 공제하고 카드전표로 중복 공제하지 않으시면 됩니다. 카드 결제는 대금 지급 방법일 뿐, 기존 세금계산서를 다시 발급하거나 수정할 사유는 아닙니다.
세금계산서를 먼저 발급한 뒤 그 대금을 카드로 결제하면서 카드전표까지 발급받았더라도, 매입세액 공제를 두 번 받는 것은 아닙니다. 세금계산서로 한 번만 공제하고 카드전표는 결제 증빙으로 보관하세요. 거래처가 세금계산서를 적법하게 발급한 뒤 카드 결제전표를 발급한 경우, 세금계산서를 단지 카드로 결제했다는 이유만으로 수정 발급할 필요는 없습니다.
부가가치세법 제38조는 사업에 사용하기 위한 매입세액을 공제 대상으로 정하고, 제46조제3항은 요건을 갖춘 카드전표의 매입세액 공제를 별도로 규정합니다. 다만 이 거래처럼 이미 세금계산서로 매입세액을 처리하는 경우에는 같은 매입을 카드전표로 다시 공제하지 않도록 신고자료를 대조하시는 것이 중요합니다.