말씀하신 대로 8월분 실제 거래에 대해 9월 1일 발급한 세금계산서가 정상이고, 10월 1일 발급분이 단순 중복이라 10월 2일 이중발급 사유로 수정발급한 것이라면, 중복 발급 자체에 따른 가산세는 통상 부과되지 않습니다.
부가가치세법 시행령 제70조는 전자세금계산서를 착오로 이중 발급한 경우, 처음 발급한 세금계산서 내용대로 음(-)의 수정세금계산서 1장을 발급하도록 정하고 있습니다. 따라서 10월 2일 수정분이 10월 1일 중복 발급분을 취소하는 내용으로 정확히 발급되었다면, 실제 공급분은 9월 1일 발급한 원래 세금계산서 한 건으로 남게 됩니다. 이 경우 중복 발급을 바로잡기 위한 수정발급만으로 세금계산서 가산세가 추가되는 것은 일반적으로 아닙니다.
8월 31일을 작성일자로 한 8월분 세금계산서를 9월 1일 발급한 것은, 월별 공급가액을 합산해 해당 월 말일을 작성일자로 발급하는 경우 공급월 다음 달 10일까지 발급할 수 있는 규정에 들어갑니다. 따라서 다른 사실관계가 없다면 9월 1일 발급은 기한 내 발급으로 볼 수 있습니다.
다만 아래 사항은 확인해 두시는 것이 좋습니다.