일반적으로 총매출액은 카드수수료를 빼기 전 금액입니다. 카드수수료는 카드 결제대행사 등에 지급하는 비용이지, 고객에게 판매한 금액을 줄이는 매출할인이 아니기 때문입니다.
예를 들어 고객이 결제한 금액 중 카드수수료를 뺀 나머지만 사업자 계좌에 입금되더라도, 매출은 원칙적으로 고객이 결제한 전체 금액으로 잡고 카드수수료는 사업 관련 비용으로 따로 처리합니다. 계좌에 실제 입금된 금액만 매출로 신고하면 매출이 누락될 수 있습니다.
부가가치세 신고에서는 고객에게 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는 것이 분명하지 않으면 그 금액의 110분의 100을 공급가액으로 봅니다. 따라서 카드수수료를 빼는 것과 부가가치세를 제외해 공급가액을 계산하는 것은 서로 다른 문제입니다(부가가치세법 제29조). 소득세 계산에서도 부가가치세 매출세액은 총수입금액에 넣지 않습니다(소득세법 제26조제9항).
카드수수료를 비용으로 반영하려면 사업 관련 지출임을 확인할 수 있도록 카드사·결제대행사의 정산내역 등 증빙을 보관해 두시는 것이 좋습니다. 즉, 매출은 결제 총액으로 기록하고, 수수료는 별도 비용으로 구분하는 방식이 기본입니다.