대표자 개인의 휴가비로 결제한 것이라면 부가가치세 매입세액 공제는 어렵습니다. 직원이 없고 대표자 1명만 급여를 받는다는 사정만으로 공제 여부가 정해지는 것은 아니며, 지출이 법인의 과세사업에 직접 필요한지와 실제 사용 목적이 핵심입니다.
부가가치세법 제38조는 사업자가 자기 사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제하도록 합니다. 반면 사업과 직접 관련이 없는 지출의 매입세액은 공제되지 않습니다(같은 법 제39조제1항제4호, 같은 법 시행령 제77조). 따라서 대표자의 개인 휴가에 쓴 숙박·여행·식사비나 휴가비를 대신 결제한 비용은 법인카드로 결제했거나 영수증을 받았더라도, 그 사실만으로 사업 관련 지출이 되지는 않습니다.
법인이 부담한 비용을 회계상 복리후생비나 출장비로 처리했는지보다 누가 어떤 목적으로 사용했는지가 중요합니다. 휴가비 성격의 지출이라면 매입세액을 공제하지 않는 쪽으로 처리하고, 이미 공제했다면 결제 내역과 사용 목적을 확인해 신고 내용을 바로잡을 필요가 있습니다. 대표자에게 지급한 금액의 법인세상 비용 처리 여부는 부가가치세 공제와 별개의 판단입니다.