시 소유의 토지를 제조업 사업용으로 임차하여 사용하는 경우 부가가치세 매입세액 공제가 가능한가요?

제조사업에 실제 사용하는 토지의 임차료에 부가가치세가 붙고 적법한 세금계산서를 받았다면, 그 임차료의 매입세액은 원칙적으로 공제할 수 있습니다. 다만 토지 조성 등 토지의 가치를 높이는 자본적 지출에 붙은 부가가치세는 별도로 공제되지 않을 수 있습니다.

공제 여부는 다음처럼 나누어 보시면 됩니다.

• 토지 임차료: 제조업 과세사업에 사용하는 비용이고, 임대료에 부가가치세가 실제로 부과되어 세금계산서를 받았다면 공제 대상이 될 수 있습니다. 사업을 위한 매입세액을 공제한다는 원칙에 따른 것입니다.
• 토지 조성·형질변경 비용 등: 토지 취득, 공장부지 조성 또는 토지 가치를 현실적으로 높여 토지 취득원가를 구성하는 비용과 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다. 부가가치세법 제39조제1항제7호와 같은 법 시행령 제80조에 따른 제한입니다.
• 과세사업과 면세사업에 함께 사용: 임차 토지를 면세사업에도 사용하고 사용 부분을 구분할 수 없다면, 공통 매입세액은 과세·면세 공급가액 비율 등으로 안분할 수 있습니다.

따라서 제조공장 운영을 위한 토지 임대료인지, 토지 조성공사 등 자본적 지출인지 구분하고, 세금계산서와 실제 사용 내역을 함께 확인해 신고하시면 됩니다. 임대료에 부가가치세가 붙지 않았다면 그 임대료에 대해 공제할 매입세액은 없습니다.