구매확인서가 발급된 경우, 기존에 발행한 과세 세금계산서와 새로 발행할 영세율 세금계산서는 각각 어떻게 발급해야 하나요?

구매확인서가 공급시기가 속한 과세기간 종료 후 25일 이내에 발급되면, 기존 과세 세금계산서는 음(-)으로 취소하고 같은 거래에 대해 영세율 세금계산서를 발급합니다.

발급할 때는 두 세금계산서 모두 당초 세금계산서 작성일을 작성일자로 적고, 비고란에는 구매확인서 발급일을 적습니다.

1. 기존 과세 세금계산서의 공급가액·세액을 그대로 반영해 음(-)의 수정세금계산서를 발급합니다.
2. 같은 공급가액으로 영세율 세금계산서를 발급합니다. 영세율 세금계산서에는 세액을 영세율에 맞게 표시합니다.

즉, 기존 과세 세금계산서를 그대로 둔 채 영세율 세금계산서만 추가 발급하는 방식이 아니라, 기존 과세분을 취소하고 영세율분으로 대체하는 처리입니다. 두 장은 구매확인서가 발급된 때 발급하며, 구매확인서 발급일과 당초 세금계산서의 공급시기가 속한 과세기간 종료일을 대조해 25일 기한 안에 해당하는지 확인하셔야 합니다. 25일째 되는 날이 법정 공휴일 등인 경우에는 바로 다음 영업일까지로 봅니다.

이 사후발급 특례의 기한을 넘긴 경우에는 위 방식으로 영세율 수정발급이 가능하다고 단정하기 어렵습니다. 또한 당초 세금계산서 신고가 이미 끝났다면, 수정발급과 별도로 부가가치세 신고를 어떻게 바로잡을지도 확인해야 합니다.