결제대행업체(PG사)가 발급한 세금계산서의 공급가액은 결제대행 서비스 수수료 중 부가가치세를 뺀 금액입니다. 고객이 결제한 상품대금이나 PG사가 판매자에게 정산한 금액 전체가 수수료 세금계산서의 공급가액이 되는 것은 아닙니다.
PG사가 고객 결제액에서 수수료를 차감해 정산하더라도, 판매자는 상품·용역 매출을 결제 총액을 기준으로 구분하고 PG 수수료는 별도의 비용 거래로 보아야 합니다. 따라서 PG사가 발급한 세금계산서에서는 수수료 공급가액과 그에 대한 부가가치세액을 확인해 처리하시면 됩니다.
실무에서는 PG 정산서의 총 결제액, 차감 수수료, 부가가치세, 최종 정산액을 세금계산서와 맞춰 보세요. 세금계산서의 공급가액이 수수료 계약조건이나 정산서의 수수료 금액과 다르면, 수수료율 적용 대상·부가가치세 별도 여부·정산기간이 일치하는지 확인해야 합니다. 구체적인 공급가액은 PG사와의 계약 및 실제 정산내역에 따라 달라집니다.