토지 취득과 직접 관련된 중개수수료에 붙은 부가가치세는 매입세액으로 공제하지 못하며, 공제받지 못한 부가가치세를 포함한 중개수수료 전체를 토지의 취득원가에 가산해 처리하는 것이 원칙입니다.
「부가가치세법」 제39조제1항제7호와 같은 법 시행령 제80조는 토지 취득 등 토지의 조성·가치 증가를 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 불공제 대상으로 정합니다. 토지 매입을 위해 지급한 중개수수료는 토지 취득에 직접 소요된 비용으로 보므로, 세금계산서를 받았더라도 그 부가가치세를 매출세액에서 빼거나 환급받을 수 없습니다.
회계 장부에는 중개수수료의 공급가액과 공제받지 못한 부가가치세를 함께 토지 취득원가에 반영합니다. 따라서 이 금액을 부가가치세 신고에서 공제할 매입세액으로 넣지 말고, 토지 관련 취득원가로 기록해 두셔야 합니다. 세금계산서와 중개수수료 계약서·지급 증빙도 토지 취득 비용임을 확인할 수 있도록 보관하시는 것이 좋습니다.
다만 수수료가 토지와 건물 취득에 함께 관련되거나, 실제로는 건물 중개·별도 용역의 대가가 포함된 경우에는 계약 내용과 용역의 실질에 따라 토지 관련분과 그 밖의 비용을 구분해야 할 수 있습니다. 토지 취득에 직접 관련된 부분만 불공제 대상이므로, 수수료 내역과 계약서상 업무 범위를 기준으로 구분해 처리하시기 바랍니다.