1기에는 공급가액 기준으로 공통매입세액을 안분하고 2기에는 매입가액 기준으로 적용해도 되나요?

1기에는 공급가액 기준을 적용했더라도, 2기에는 2기 상황에 맞는 법정 안분기준을 적용해야 합니다. 따라서 2기에 매입가액 기준으로 바꾸는 것은 공급가액 기준을 선택적으로 바꾸는 것이 아니라, 2기에 공급가액 기준을 적용할 수 없는 경우에만 가능합니다.

• 2기에 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있으면 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액으로 안분합니다. 이 경우 매입가액 기준으로 임의 변경할 수 없습니다.
• 2기에 공급가액이 없거나 과세사업 또는 면세사업등 한쪽의 공급가액이 없으면 시행령상 대체 기준을 순서대로 적용합니다. 첫 번째가 공통매입가액을 제외한 총매입가액 중 면세사업등 관련 매입가액의 비율이고, 그 기준을 적용할 수 없으면 예정공급가액 비율, 그다음 예정사용면적 비율을 적용합니다.
• 다만 건물·구축물을 신축하거나 취득하면서 과세·면세 사용 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적 비율을 먼저 적용합니다.

따라서 2기에 양쪽 사업의 공급가액이 모두 발생했다면 매입가액 기준 적용은 어렵고, 한쪽이라도 공급가액이 없을 때에는 매입가액 기준이 첫 번째 대체 기준이 될 수 있습니다. 이는 1기와 2기에 서로 다른 기준을 임의로 선택하는 것과는 다릅니다. 부가가치세법 제40조와 시행령 제81조의 기준에 따라 각 과세기간의 공급가액 발생 여부와 건물·구축물 해당 여부를 확인해 적용하셔야 합니다.