세관장이 발급하는 수입세금계산서 자체에는 영세율이 적용되지 않습니다. 수입 단계에서 부가가치세를 징수하면 세관장이 수입자에게 수입세금계산서를 발급하고, 그 세액은 요건을 갖춘 경우 매입세액으로 공제받을 수 있습니다.
「부가가치세법」 제35조에 따라 세관장은 수입되는 재화의 부가가치세를 징수할 때 수입세금계산서를 발급합니다. 수입 부가가치세의 과세표준은 관세 과세가격에 관세와 법에서 정한 일부 세금을 더해 계산하며, 일반적인 부가가치세율은 10%입니다. 특정 수입품이 법에 따라 면세되는 경우는 별도로 판단해야 합니다.
수입한 재화를 과세사업에 사용하거나 사용할 목적으로 수입했고, 수입세금계산서 등 공제 요건을 갖추면 수입 때 낸 부가가치세를 매입세액으로 공제할 수 있습니다. 다만 면세사업에 사용하거나 법에서 정한 불공제 사유가 있으면 공제가 제한될 수 있습니다.
수입한 물품을 나중에 수출하거나 영세율 매출에 사용하더라도 수입 단계의 세금이 영세율로 바뀌는 것은 아닙니다. 수입 때 낸 세액은 요건에 따라 매입세액으로 공제·환급을 검토하고, 수출 등 영세율 해당 여부는 별도의 매출 거래로 판단합니다.