법인 음식점의 법인세 과세표준은 음식점업 전용 비율이 아니라, 각 사업연도 소득에서 이월결손금·비과세소득·소득공제액을 순서대로 빼서 계산합니다.
과세표준 = 각 사업연도 소득 − 이월결손금 − 비과세소득 − 소득공제액
일반 법인은 한 사업연도에 공제하는 이월결손금이 원칙적으로 그 사업연도 소득의 80%를 넘을 수 없습니다. 중소기업과 법령에서 정한 일부 법인은 100%까지 공제할 수 있습니다. 여러 해에 결손금이 있다면 먼저 발생한 결손금부터 공제합니다. 비영리법인이라면 수익사업에서 발생한 소득과 결손금만 대상으로 합니다.
법인세 과세표준을 추계로 결정·경정하는 경우에는 원칙적으로 이월결손금을 공제할 수 없습니다. 다만 천재지변 등으로 장부나 증명서류가 멸실된 경우에는 예외가 있을 수 있습니다. 추계 과정에서 공제되지 않았던 이월결손금의 처리에도 별도 규정이 있으므로 해당 사유와 신고 내역을 확인해야 합니다.
따라서 음식점 법인은 개인사업자용 단순경비율로 과세표준을 계산하지 않습니다. 매출과 비용을 장부·증빙에 따라 정리하고 세무조정을 거쳐 각 사업연도 소득을 산출한 다음, 위 순서와 공제 한도를 적용합니다. 법인지방소득세 과세표준도 원칙적으로 법인세 과세표준과 같은 금액을 기준으로 합니다.