매입처가 매출처로 직접 세금계산서를 발행할 수 없어 우리에게 발행하고 우리가 동일 금액으로 매출처에 발행한 경우, 이를 수입금액에서 제외하는 것이 맞나요?

매입처가 매출처에 직접 발행하지 못해 세금계산서를 귀사 앞으로 발행하고 귀사가 같은 금액으로 매출처에 발행했더라도, 두 세금계산서 금액이 같다는 이유만으로 귀사의 매출을 수입금액에서 제외할 수는 없습니다. 실제 거래에서 귀사가 판매자인지, 단순히 거래를 대행한 것인지가 기준입니다.

• 귀사가 물건을 매입해 매출처에 재판매한 경우: 매출처에 발행한 세금계산서 금액은 귀사의 매출로 신고하고, 매입처에서 받은 세금계산서는 별도의 매입으로 처리합니다. 매입과 매출이 같더라도 매출액을 0원으로 상계하는 방식은 아닙니다. 매입세액 공제는 해당 매입이 사업에 사용되고 적법한 세금계산서 등 요건을 갖춘 경우에 별도로 검토합니다.
• 귀사가 공급자와 매출처 사이의 단순 대행자이고 수수료만 받는 경우: 실제 계약·정산 및 거래 책임이 그 구조와 일치해야 합니다. 귀사 명의로 매입·매출 세금계산서를 각각 발행했다는 사실만으로 대행 거래나 수수료만의 매출이라고 인정되는 것은 아닙니다. 계약서, 주문·배송 내역, 대금 정산, 재고·반품·손실 부담 등 거래 자료와 세금계산서 발행 내용이 서로 맞는지 확인하셔야 합니다.

부가가치세 과세표준은 원칙적으로 공급한 재화·용역의 공급가액이며, 공급가액에는 부가가치세가 포함되지 않습니다. 따라서 세금계산서의 공급가액과 부가가치세액을 구분해 신고하셔야 합니다. 소득세 계산에서도 매출세액은 총수입금액에 넣지 않지만, 이는 부가가치세액을 제외한다는 뜻이지 매출 자체를 제외한다는 뜻은 아닙니다.

현재 설명만으로는 귀사가 재판매자인지 대행자인지 확정하기 어렵습니다. 우선 두 세금계산서와 계약서·정산자료를 대조해 실제 공급자와 귀사의 역할을 정리하시고, 신고가 이미 끝났다면 실제 거래 구조와 신고 내용이 달라졌는지 검토하시는 것이 좋습니다.