수출 관련 비용을 귀사가 부담한 뒤 거래처에 다시 청구하는 구조라면, 원칙적으로 비용과 매출을 각각 총액으로 기록하고, 거래처를 대신해 비용만 지급한 경우라면 대납금으로 처리합니다.
매입 세금계산서가 귀사 명의이고, 귀사가 해당 비용의 부담자이거나 비용을 포함해 거래처에 용역·재화를 공급한 것이라면 다음처럼 처리합니다.
매입액과 청구액이 같더라도 서로 다른 거래라면 비용과 매출을 서로 상계해 순액만 기록하지 않습니다. 청구한 금액이 매입비용과 같다는 이유만으로 대납금이 되는 것은 아닙니다.
실제 비용 부담자와 용역을 공급받는 사람이 거래처이고, 귀사는 계약상 대리인으로 결제만 했다면 귀사의 비용·매출이 아니라 거래처에 받을 금액은 미수금, 지급할 금액은 미지급금 등으로 처리할 수 있습니다. 이 처리는 대납 사실이 계약서, 비용 청구서, 의뢰 내역 및 정산자료로 확인되어야 합니다. 귀사 명의로 매입 세금계산서를 받고 거래처에 별도 세금계산서를 발급했다면, 단순 대납인지 귀사가 다시 공급한 것인지 거래 실질을 먼저 점검하세요.
계정과목은 거래의 실질에 따라 정합니다. 검역비를 그대로 청구한 것이라면 보통 상품을 판 거래가 아니므로 상품매출보다 용역매출이나 수출 관련 수익 계정이 더 자연스럽습니다. 다만 귀사가 비용을 부담하지 않고 대납만 했다면 매출 계정으로 잡지 않는 방식이 맞을 수 있습니다.
거래처에 귀사가 별도로 공급한 과세 용역·재화의 대가라면 국내 거래의 부가가치세 과세 여부를 따져 세금계산서를 발급해야 합니다. 공급가액에는 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치가 있는 대가가 포함되고 부가가치세는 포함하지 않습니다. 세금계산서는 원칙적으로 공급시기에 발급하며, 거래 형태에 따라 공급시기는 달라질 수 있습니다. 수출과 관련된 비용이라는 사정만으로 거래처에 청구한 금액까지 자동으로 영세율이 되는 것은 아닙니다.
실무에서는 계약서의 비용 부담 조항, 매입 세금계산서의 공급받는 자, 검역 의뢰자, 거래처에 발급한 세금계산서와 정산 내역을 함께 보관하고, 장부 계정과 부가가치세 신고의 거래 구분이 일치하는지 확인하시는 것이 좋습니다.