고객의 별도 계약상 위약금을 대신 내주는 것만으로는 그 대납액에 대해 고객에게 세금계산서를 발급할 의무가 생기지 않습니다. 다만 그 돈이 실제로는 고객에게 제공한 재화·용역의 대가라면 공급가액에 포함될 수 있어 거래의 실질을 확인해야 합니다.
세금계산서 발급 여부는 돈의 명칭보다 실제 거래가 재화·용역의 공급 대가인지로 판단합니다. 부가가치세는 사업자가 재화나 용역을 공급하는 거래에 과세되고, 세금계산서는 과세되는 재화·용역을 공급할 때 발급하는 것이 원칙입니다. 따라서 사업자가 고객에게 별도의 재화나 용역을 제공하지 않고, 고객이 제3자와 맺은 계약에서 부담한 위약금을 대신 지급했을 뿐이라면 그 대납액 자체를 매출로 보아 세금계산서를 발급하는 거래는 아닙니다.
다만 다음처럼 대납액이 고객에게 제공한 거래와 실질적으로 연결되면 달리 볼 수 있습니다.
이 경우에는 실제 공급의 내용과 계약 조건에 따라 공급가액에 포함되는지 검토해야 합니다. 부가가치세법 제29조는 공급받는 자에게서 받는 금전적 가치 있는 대가를 공급가액에 포함하도록 정하고 있습니다. 반대로 공급과 직접 관련 없는 손해보전 성격의 금액이라면 공급대가와 구분해 볼 여지가 있습니다.
실무적으로는 대납 사유와 원래 위약금을 부담할 당사자가 누구인지 확인할 수 있도록 계약서, 위약금 청구서, 대납 영수증·이체내역, 고객과의 정산내역을 보관하고, 대납액을 공급대가나 수수료와 구분해 기록하시는 것이 좋습니다. 고객에게 별도의 과세 공급을 했다면 그 공급에 대한 세금계산서 발급 여부는 대납액과 별도로 판단해야 합니다.