임야 일부만 묘역으로 사용했다면 묘역으로 사용한 부분과 그렇지 않은 부분을 실제 이용상황에 따라 나누어 검토해야 하며, 임야 전체에 조상 묘가 있다는 이유만으로 처분수입 전부가 비과세되는 것은 아닙니다.
종중이 법인으로 보는 단체 등 비영리내국법인인 경우, 자산 처분수입은 원칙적으로 법인세 과세대상입니다. 다만 「법인세법」 제4조제3항제5호와 같은 법 시행령 제3조제2항에 따라 처분일을 기준으로 직전 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분수입은 과세소득에서 제외될 수 있습니다. 여기서 묘역으로 실제 사용·관리된 범위와 기간을 입증하는 것이 중요합니다.
실무에서는 다음처럼 구분 자료를 마련하시는 것이 좋습니다.
묘역 면적 비율만으로 매매대금을 나누는 방식이 항상 인정된다고 단정하기는 어렵습니다. 묘역 부분과 나머지 부분의 위치·형상·이용 가능성 및 거래가액 자료 등을 함께 검토해 합리적으로 처분수입을 구분해야 합니다. 계약서나 감정평가에서 일부별 가격을 확인할 수 없다면, 면적만으로 임의 배분하기보다 구분 근거와 산정 과정을 갖추는 편이 안전합니다. 구체적인 배분 방식과 직접 사용 여부는 토지 현황 및 증빙에 따라 사실판단이 달라질 수 있습니다.
또한 처분 전에 묘를 이장해 해당 부분이 더 이상 묘역 기능을 하지 않게 된 경우에는 처분일 현재의 이용상황과 그 직전 3년의 연속 사용 여부가 쟁점이 될 수 있습니다. 관련 사실관계에 다툼이 생기면 세무상 판단과 별도로 법률 전문가의 검토도 필요할 수 있습니다.