명도소송 중 보증금에서 월세 상당액을 공제하는 경우 부가가치세 신고는 어떻게 해야 하나요?

명도소송 중이라도 임차인이 건물을 계속 사용하고, 월세 상당액을 실제 임대료로 보아 보증금에서 차감하기로 합의한 경우에는 그 임대료를 부가가치세 과세매출로 신고하는 것이 원칙입니다.

부가가치세법상 건물을 사용하게 하는 것은 용역의 공급입니다. 임대료를 월별로 지급하기로 약정했다면 통상 각 대가를 받기로 한 때가 공급시기가 되므로, 실제로 현금을 받지 않았더라도 그 시기에 매출로 반영하고 해당되는 경우 세금계산서를 발급해야 합니다. 세금계산서는 원칙적으로 공급시기에 발급하며, 공급시기 전에 대가를 받고 세금계산서를 발급한 경우에는 발급 시점을 공급시기로 볼 수 있습니다.

보증금 차감은 ‘계약에 따라 임대료에 충당한 것인지’가 중요합니다. 임대인과 임차인이 월세를 보증금에서 차감하기로 합의했다면, 차감된 만큼 보증금 잔액이 줄어듭니다. 간주임대료를 계산할 때도 계약에 따라 임대료에 충당한 금액은 보증금에서 제외합니다. 반대로 월세를 단순히 미납한 상태에서 나중에 보증금 정산 때 미수액을 공제하는 것이라면, 매월 이미 보증금에 충당한 것으로 단정하기 어렵습니다. 차감 합의서·정산내역과 실제 처리 경위를 구분해 두세요.

실무적으로는 다음 순서로 처리하시면 됩니다.

1. 임대차계약이 유지되고 임차인이 계속 점유·사용하는 기간의 월세 지급 약정일을 확인합니다.
2. 월세를 보증금에서 차감하기로 합의했다면, 합의 내용과 차감일·금액을 문서로 남기고 보증금 잔액을 갱신합니다.
3. 해당 월세를 공급시기에 맞춰 과세매출로 신고하고, 세금계산서 발급 대상인 거래라면 공급받는 자에게 발급합니다. 보증금 차감은 월세를 받은 방식의 문제이지, 월세 매출 자체를 없애는 사유는 아닙니다.
4. 보증금 잔액에 대해서는 간주임대료도 별도로 검토합니다. 보증금 간주임대료는 과세기간 종료일 현재 적용되는 정기예금 이자율과 과세대상 일수 등을 기준으로 계산합니다.

다만, 임대차가 끝난 뒤의 금액이 계속 사용하게 한 대가가 아니라 순수한 손해배상금인지, 또는 법원 절차에서 정해진 점유사용료인지에 따라 과세 여부가 달라질 수 있습니다. 계약서, 해지 통지, 점유·사용 상황, 보증금 공제 합의 및 정산 자료를 함께 살펴 구분해야 합니다. 명도소송 중이라는 사정만으로 임대료 신고가 자동으로 면제되지는 않습니다.