부가가치세 과세 대상인 지원금을 받을 때 세금계산서를 발급해야 하나요?

지원금이 실제로 과세되는 재화·용역 공급의 대가라면, 그 공급자는 원칙적으로 지원금을 지급하는 기관이나 사업자에게 세금계산서를 발급해야 합니다.

「부가가치세법」 제32조는 사업자가 부가가치세 과세 대상 재화나 용역을 공급할 때 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하도록 정하고 있습니다. 따라서 지원금이라는 명칭만으로 발급 여부가 결정되지는 않습니다. 지원금을 받기 위해 지원기관에 용역을 제공하거나 운영업무를 대행하는 등 지원금과 대가관계가 있는 공급이 실제로 있어야 합니다.

세금계산서는 원칙적으로 재화나 용역의 공급시기에 발급합니다. 다만 거래처별 월 공급가액을 합산하는 등 법정 요건에 해당하면 공급일이 속한 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있습니다. 지원사업을 수행하면서 사업비·운영비를 받는 경우에도 그 금액이 위탁용역의 대가라면 과세표준에 포함될 수 있으므로, 협약서의 업무 범위와 지급·정산 기준을 함께 살펴보셔야 합니다.

반대로 지원기관에 재화나 용역을 공급하지 않고, 지원금이 공급의 대가와 직접 관련이 없는 재정지원이라면 과세대상이 아니므로 그 지원금만을 이유로 세금계산서를 발급하지 않습니다. 결국 지원금이 과세 대상이라는 판단은 그 돈이 과세되는 공급의 대가라는 뜻인지 확인하는 것이 먼저입니다.

세금계산서 발급기한을 넘기면 공급가액의 1% 가산세가 적용될 수 있고, 해당 과세기간의 확정신고기한까지도 발급하지 않으면 원칙적으로 공급가액의 2% 가산세가 적용될 수 있습니다. 세금계산서를 발급할 거래라면 공급시기와 공급받는 자를 확인해 기한 내 처리하시기 바랍니다.