주유소가 제휴카드 할인액을 실제로 부담해 판매가격을 낮춘 경우에는 그 할인액을 공급가액에서 빼고 부가가치세를 다시 계산하도록 경정청구할 수 있습니다. 다만 카드사나 제휴사로부터 할인액을 보전받았다면 그 보전액까지 공급가액에서 제외할 수 있는지는 정산 구조에 따라 달라집니다.
「부가가치세법」 제29조제5항제1호는 공급 조건에 따라 통상 대가에서 직접 깎아 준 금액을 공급가액에 포함하지 않도록 정하고 있습니다. 따라서 고객이 카드로 결제할 때 할인된 금액만 부담하고, 주유소도 그 할인액을 카드사 등으로부터 돌려받지 않는 구조라면 할인 후 금액을 기준으로 매출을 신고하는 것이 원칙입니다. 이미 할인 전 금액을 공급가액으로 신고했다면 과다 신고·납부한 세액에 대해 경정청구를 검토할 수 있습니다.
반대로 카드사가 주유소에 할인액을 정산해 주거나, 제휴사가 주유소의 부담을 대신 보전하는 구조라면 고객 결제액만으로 공급가액이 결정된다고 단정하기 어렵습니다. 할인액을 누가 부담했는지, 주유소가 카드사·제휴사로부터 어떤 명목의 금액을 받았는지에 따라 판단해야 합니다. 카드사 정산서, 제휴 약정서, 매출전표, 할인액 부담·보전 내역을 서로 맞춰 확인하는 것이 중요합니다.
경정청구는 해당 부가가치세 신고를 이미 한 사업자가 신고한 세액이 정당하게 신고했어야 할 세액보다 많을 때 하는 절차입니다. 일반적으로 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서에 청구할 수 있으며, 신고하지 않았거나 할인액이 실제로 주유소 부담이 아닌 경우에는 이 설명만으로 환급 가능성을 확정하기 어렵습니다. 청구 전에 과세기간별로 할인액과 보전액을 구분하고, 기존 신고에서 할인액을 어떤 방식으로 반영했는지 대조해 보시기 바랍니다.