여행업자의 부가가치세 과세표준이 항상 알선수수료에만 한정되는 것은 아니며, 관광객에게 받은 금액과 여행경비를 어떻게 계약·정산했는지에 따라 달라집니다.
관광객에게서 받은 금액 중 숙박비·운송비 등 여행경비와 알선수수료를 항목별로 구분하고, 여행사가 그 경비를 단순히 대신 받아 지급한 사실이 확인된다면, 여행사의 공급가액에는 알선수수료와 알선용역에 직접 관련해 받는 대가가 포함됩니다. 단순 수탁경비는 과세표준에 포함되지 않는 것으로 설명됩니다.
반대로 관광객에게 여행 목적지와 기간만 제시하고, 비용 종류별 금액과 알선수수료를 나누지 않은 채 하나의 금액으로 받으면 받은 대가 전액이 공급가액이 될 수 있습니다. 따라서 “알선수수료에 대해서만 부가가치세가 부과된다”라고 단정하기보다, 경비를 구분해 받고 실제 대납한 것이 확인되는 경우에는 알선수수료 등을 기준으로 과세표준을 판단한다고 표현하는 편이 정확합니다.
부가가치세법 제29조는 과세표준을 공급가액으로 정하고, 공급받는 자에게서 받는 금전적 가치 있는 대가를 공급가액에 포함하되 부가가치세는 제외하도록 합니다. 여행경비가 실제 대납액인지, 여행사가 자기 책임으로 제공한 용역의 대가인지는 계약서·정산서·증빙 등 거래 실질에 따라 살펴야 합니다.
또한 과세표준 판단과 매입세액 공제는 별개의 문제입니다. 질문에 적으신 기본통칙 번호와 매입세액 공제 범위의 구체적 적용은 제공된 근거만으로 확인할 수 없으므로, 그 통칙을 근거로 “매입세액은 알선수수료 관련분만 공제된다”고 단정하지는 않는 것이 안전합니다.