종합소득세 중간예납 납부세액에는 농어촌특별세(농특세)가 포함되지 않습니다. 농특세는 해당 본세를 신고·납부할 때 함께 내지만, 법에서 중간예납은 이 동시 신고·납부 대상에서 제외하고 있습니다(농어촌특별세법 제7조제1항).
따라서 중간예납 고지서에 적힌 세액은 소득세 중간예납세액으로 보시면 됩니다. 다만 종합소득세 감면으로 농특세 납부 의무가 생기는 경우에는, 해당 감면과 농특세 비과세 요건을 따져 중간예납이 아닌 본세의 신고·납부 때 함께 신고·납부하는 구조입니다. 농특세가 실제로 발생하는지는 적용받는 감면의 종류와 비과세 여부에 따라 달라집니다.