주사업장 총괄납부 사업자의 수정신고서는 수정할 거래가 발생한 각 사업장 관할 세무서에 사업장별로 제출하셔야 합니다. 주사업장에서 납부세액을 합산해 납부하더라도 신고까지 주사업장에서 한꺼번에 하는 방식은 아닙니다.
총괄납부는 각 사업장의 부가가치세를 주사업장에서 모아 납부하는 제도입니다. 각 사업장의 신고와 수정신고는 사업장별로 처리하고, 정기 신고 때에는 주사업장 관할 세무서에 사업장별 과세표준 및 납부·환급세액 신고명세서도 첨부합니다.
따라서 예를 들어 지점 매출을 누락해 수정하려면 그 지점의 수정신고서를 지점 관할 세무서에 제출하는 것이 원칙입니다. 본점과 지점 모두의 신고 내용을 고치는 경우에는 해당 사업장별로 각각 수정신고하셔야 합니다.
관할이 아닌 세무서에 신고서를 제출했더라도 신고 효력 자체에는 영향이 없다는 규정이 있습니다. 다만, 종사업장 신고분을 주사업장에만 합산해 신고하고 종사업장 관할에 신고하지 않은 경우에는 종사업장분이 무신고로 처리될 수 있으므로, 수정신고도 사업장별 관할에 맞춰 제출하는 것이 안전합니다.