부가가치세법이 법인세법보다 일반적으로 우위에 있다는 말은 맞지 않습니다. 두 법은 각각 부가가치세와 법인세를 정하는 별개의 세법이며, 어느 한 법이 다른 법보다 일률적으로 상위에 있는 것은 아닙니다.
국세기본법 제3조제1항은 세법에 별도 규정이 없을 때 국세기본법을 따르도록 정하고 있지만, 이것이 부가가치세법과 법인세법 사이의 우선순위를 정하는 규정은 아닙니다. 실제로 두 세법의 규정이 함께 문제 되는 경우에는 그 거래에 적용되는 각 조항의 내용과 적용 범위를 따져 판단해야 합니다. 한 법에 특별한 규정이 있는 경우에도 그 규정이 어떤 쟁점에 대해 적용되는지를 확인해야 하며, 이를 두 법 전체의 우열로 확대할 수는 없습니다.
다만 국제조세조정에 관한 법률처럼 다른 세법보다 우선 적용한다고 법률에 명시한 경우는 별도입니다. 그 우선 규정은 해당 법률이 정한 국제거래 등 적용 범위 안에서 작동하는 것이지, 부가가치세법이 법인세법보다 우위라는 뜻은 아닙니다.