회사가 직원(근로자)의 자녀 학자금을 지원하면 원칙적으로 직원의 근로소득에 포함해 원천징수합니다. 자녀의 학비로 학교에 직접 지급하더라도, 자녀에게 지급한 장학금 형태이더라도, 직원이 회사로부터 받은 지원이라면 과세대상으로 보는 것이 기본입니다.
소득세법은 근로를 제공한 대가뿐 아니라 종업원이 받는 학자금·장학금도 근로소득에 포함하도록 규정합니다. 따라서 회사는 지원액을 급여에 반영해 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수하고, 해당 연도 근로소득으로 연말정산에 포함해야 합니다. 근로소득 원천징수세액에는 지방소득세가 별도로 추가됩니다.
다만, 직원 본인이 업무와 관련된 교육·훈련을 위해 받는 학자금은 요건을 모두 갖추면 비과세가 될 수 있습니다. 이 비과세 요건은 자녀 학자금 지원에 적용되는 것이 아닙니다.
실무상 회사는 자녀 학자금 지원액을 급여대장과 근로소득 지급명세서에 반영하고, 비과세 학자금으로 잘못 분류하지 않도록 확인하셔야 합니다. 지급액을 급여에 반영하지 않아 원천징수세액이 부족해지면 원천징수의무자에게 미납·과소납부 관련 가산세가 발생할 수 있습니다.

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