연금수령을 시작한 계좌에서 일부를 인출하면 과세제외금액 → 이연퇴직소득 → 세액공제를 받은 납입액과 운용수익 등의 순서로 인출된 것으로 보아 과세합니다.
다만, 위 순서는 인출 재원을 어떤 순서로 사용한 것으로 볼지에 관한 규칙입니다. 인출액 전부가 자동으로 연금소득으로 과세된다는 뜻은 아닙니다. 연금수령한도를 넘긴 금액은 연금외수령으로 보며, 초과 인출이 있는 경우에는 연금수령분을 먼저 인출하고 나머지를 연금외수령분으로 인출한 것으로 봅니다.
과세제외금액이 확인되지 않았다면 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서를 발급받아 연금계좌취급자에게 제출해 확인받는 절차가 있습니다. 또 계좌 운용손실로 잔액이 원금에 미달하면 원금은 위 인출순서의 반대 순서로 줄어든 것으로 봅니다. (소득세법 시행령 제40조의3제1항·제2항·제5항, 제40조의2제5항)