현지조사에서 사실확인서를 받더라도 내용이 사실과 다르거나 충분히 확인하지 못한 부분이 있으면 그대로 서명하지 말고, 수정 또는 별도 소명을 요청하시는 것이 좋습니다. 서명한 확인서는 과세 판단의 자료로 사용될 수 있지만, 서명했다고 해서 그 내용이 언제나 확정되거나 나중에 다툴 수 없게 되는 것은 아닙니다.
현지 확인이라는 이름을 사용하더라도, 과세자료를 얻기 위해 사업장 등에서 상당 기간 질문하고 장부·서류를 조사하는 등 실질적으로 세액을 결정·경정하려는 활동이라면 세무조사에 해당할 수 있습니다. 반대로 간단한 사실 확인에 그치는 경우에는 세무조사로 보지 않을 수 있어, 조사 목적·질문 범위·기간·자료 요구 내용을 함께 살펴야 합니다.
이미 서명하셨더라도 사실과 다른 부분이 있다면 확인서 작성 경위와 오류를 설명하는 소명서, 계약서·계좌내역 등 객관적 자료를 가능한 한 빨리 제출해 기록으로 남기세요. 확인서의 증거 가치는 문구의 구체성, 작성 경위, 다른 자료와의 일치 여부에 따라 달라질 수 있습니다. 과세처분을 받은 뒤 다투는 절차와 기한은 통지 내용 및 처분 종류에 따라 다르므로, 확인서와 조사 관련 문서를 함께 검토하시는 것이 안전합니다.