원천징수이행상황신고서에는 퇴사자 소득세가 포함되었으나 장부상 급여대장에서 누락된 경우, 올바른 회계처리 방법은 무엇인가요?

신고 내용과 실제 지급·공제·납부가 일치하고 장부만 빠졌다면, 잡이익이나 임의의 선급금으로 차액을 맞추지 말고 누락된 급여·직원 정산·원천세 납부 거래를 실제 흐름대로 장부에 반영하시면 됩니다.

먼저 해당 퇴사자의 연말정산 계산서, 급여대장, 실제 계좌이체 내역, 원천세 납부 내역을 대조해 누락된 것이 무엇인지 확인하세요. 신고가 맞다는 전제라면 원천징수이행상황신고서를 다시 고치는 것이 아니라, 장부에서 빠진 거래를 보완하는 방향입니다. 원천징수이행상황신고서에는 원천징수하여 납부할 세액이 없는 사람의 내역도 포함하도록 되어 있지만, 신고서에 금액이 있다는 사실만으로 회계상 수익이나 자산이 생기는 것은 아닙니다.

누락된 거래별 처리 방향

• 급여와 연말정산 정산분 전체가 장부에서 빠진 경우: 실제 지급한 급여·환급액과 공제한 세금으로 급여비용, 현금(또는 미지급금), 예수금 등 관련 계정을 함께 반영합니다. 이미 지급한 순액만 비용 처리하거나, 신고서 세액만 따로 비용 처리하면 급여와 직원 정산 내역이 어긋날 수 있습니다.
• 급여는 장부에 있는데 원천세 예수금만 빠진 경우: 급여에서 실제 공제한 세금이 회사가 납부할 금액으로 남아 있다면, 누락된 금액을 원천세 예수금 등 적절한 부채 계정에 반영하고 납부 내역과 대사합니다. 기존 전표에서 해당 금액이 다른 계정으로 잘못 분류됐다면 그 계정을 바로잡습니다.
• 회사가 퇴사자에게 연말정산 환급액을 지급했지만 장부에 빠진 경우: 직원에게 실제 지급한 금액과 세무서 환급 또는 이후 원천세와 상계될 금액을 구분해 반영합니다. 환급받을 금액이 확정되어 있다면 미수금 등 채권 계정으로 관리하고, 실제 환급·상계 때 해당 계정을 정리합니다.
• 원천세를 이미 납부했지만 장부에 납부 전표가 없는 경우: 실제 납부일의 은행 출금 내역을 기준으로 원천세 예수금 등 부채를 정리하고 보통예금 감소를 기록합니다. 이미 부채를 기록하지 않았다면 누락된 급여·공제 전표와 납부 전표를 함께 맞춰야 합니다.

따라서 분개는 퇴사자에게 실제로 지급한 금액, 급여에서 공제한 금액, 회사가 납부하거나 환급·상계받은 금액에 따라 달라집니다. 장부 마감이 끝난 과거 기간의 누락이라면 회사의 결산·수정분개 기준에 따라 반영 시기를 검토하시되, 어느 경우에도 실재하지 않는 잡이익이나 선급금을 만들어 차액을 없애지는 마세요. 급여대장과 총계정원장, 은행 거래내역, 원천세 신고·납부 내역이 서로 연결되는지 확인해 두시는 것이 좋습니다.