면세 학원 운영에 사용하는 임차료에 포함된 부가가치세는 원칙적으로 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세는 사업에 사용하기 위해 공급받은 재화·용역의 세액을 공제하는 것이 원칙입니다. 다만, 면세사업에 관련된 매입세액은 공제 대상에서 제외됩니다. 따라서 임대인이 임차료에 부가가치세를 별도로 청구하고 세금계산서를 발급하더라도, 해당 공간을 면세 교육용역에만 사용한다면 그 세액을 매출세액에서 빼거나 환급받을 수 없습니다.
임차료에 과세되는지와 그 부가가치세를 공제받을 수 있는지는 별개의 문제입니다. 공제받지 못한 세액은 부가가치세 신고에서 매입세액 공제액으로 처리하지 않으셔야 합니다. 과세사업에도 함께 사용하는 공간이라면 면세사업에 사용한 부분과 과세사업에 사용한 부분을 구분해 검토해야 하므로, 전부 면세사업용이라고 단정하기 어려울 수 있습니다.