공공기관 바우처 사업 정산 시 부가가치세와 원천세가 정산 불가 항목에 포함되나요?

공공기관 바우처 사업의 정산이라면, “부가가치세 등 제세금은 정산 불가”라는 문구만으로 원천징수세액까지 정산 불가라고 보기는 어렵습니다. 원천징수세액은 부가가치세와 성격이 다르고, 사업별 정산지침에서 비용으로 인정하는지에 따라 달라집니다.

프리랜서 등에게 용역비를 지급하면서 원천징수하는 경우, 원천세는 지급자의 별도 세금이라기보다 계약상 지급액 중 일부를 세금으로 떼어 납부하는 금액입니다. 예를 들어 계약상 용역비가 세전 금액으로 정해져 있다면, 원천징수한 금액은 용역비에서 공제해 지급하고 해당 세액을 납부하는 구조입니다. 이 때문에 “제세금 정산 불가”만으로 용역비 자체까지 정산 대상에서 제외된다고 단정할 수는 없습니다.

다만, 바우처 사업이 원천징수액을 포함한 세전 용역비 전액을 적격 비용으로 인정하는지, 아니면 실제 지급액이나 별도 증빙이 있는 항목만 인정하는지는 해당 사업의 협약서·정산지침이 기준입니다. 안내된 자료에는 수출바우처의 경우 부가가치세를 참여기업 부담으로 안내하는 내용은 있지만, 원천세의 정산 인정 여부를 정한 공통 기준은 확인되지 않습니다. 따라서 다른 공공 바우처 사업에 그 기준을 그대로 적용할 수도 없습니다.

정산 때는 계약서상 용역비가 세전 금액인지 확인하고, 지급명세·원천징수영수증·원천세 납부 증빙과 함께 사업 지침의 인건비 또는 용역비 증빙 요건을 대조하시는 것이 좋습니다. 원천세를 실제로 납부했다는 사실만으로 바우처 정산 대상이 되는 것은 아니며, 반대로 부가가치세 불인정 문구만으로 자동 제외되는 것도 아닙니다.