농어촌특별세가 발생하더라도 소득세 중간예납액에 합산해 내지는 않습니다. 소득세 중간예납은 농어촌특별세와 별도로 계산하고, 감면에 따라 발생한 농어촌특별세는 해당 소득세를 확정 신고·납부할 때 함께 신고·납부하는 것이 원칙입니다.
농어촌특별세법 제7조제1항은 감면에 따른 농어촌특별세를 본세와 함께 신고·납부하도록 하면서 중간예납은 제외한다고 정하고 있습니다. 따라서 전년도나 올해 감면 때문에 농특세가 있었더라도, 그 농특세를 중간예납 산출액에 더하는 방식은 아닙니다.
다만 감면받은 소득세가 농어촌특별세 과세 대상인지, 비과세 대상인지는 감면 종류에 따라 다릅니다. 과세 대상인 경우에는 감면받은 세액 등을 기준으로 농특세를 따로 계산하고, 본세를 확정 신고·납부할 때 함께 처리합니다. 원천징수 대상 소득에 해당하는 경우에는 지급 시 원천징수 방식으로 처리될 수 있습니다.