두 기간의 부과제척기간 만료일이 반드시 같지는 않습니다. 세무서가 두 기간의 타인명의등록 사실을 한꺼번에 알았다는 사정만으로 제척기간의 기산일이나 만료일이 하나로 합쳐지지는 않습니다.
앞서 말씀드린 사업개시일부터 실제 사업자로 확인된 날 전날까지는 타인명의등록 가산세가 문제 되는 기간을 설명한 것이고, 부과제척기간의 계산 기준과는 별개입니다. 제척기간은 원칙적으로 해당 세금의 과세표준 신고기한 다음 날부터 진행하며, 사업자등록 기간이나 과세관청이 사실을 알게 된 날부터 시작하는 것은 아닙니다(국세기본법 시행령 제12조의3).
따라서 두 기간이 서로 다른 부가가치세 과세기간이라면, 각 기간의 법정신고기한과 신고 여부를 따로 확인해 만료일을 계산해야 합니다. 각 기간의 신고기한이 다르면 만료일도 달라질 수 있습니다. 반대로 신고기한과 적용되는 제척기간이 모두 같다면 만료일도 같을 수 있습니다.
일반적으로 신고한 국세는 5년, 법정신고기한까지 신고하지 않은 경우는 7년, 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받은 경우는 10년의 제척기간이 적용될 수 있습니다. 역외거래 관련 예외나 불복 결정·판결 등에 따른 특례가 있으면 달라질 수 있습니다. 부정행위가 문제 되는 경우에도 그 행위와 관련된 세금·부분인지 따져야 하므로, 두 기간에 동일한 장기 제척기간이 적용된다고 단정할 수는 없습니다.
실제 만료일을 판단할 때는 기간별로 과세기간, 법정신고기한, 신고 여부, 부정행위 적용 여부, 세무서의 과세처분일을 구분해 확인하셔야 합니다. 특히 제척기간이 지났는지는 세무서가 알게 된 날이 아니라 법정 기산일과 해당 예외·특례를 기준으로 판단합니다.