통합투자세액공제로 실제 소득세(사업소득분)나 법인세를 공제받으면, 원칙적으로 그 공제받은 세액의 20%를 농어촌특별세로 납부하셔야 합니다. 다만 공제 대상액이 생겼더라도 아직 세액공제를 적용하지 못한 이월액이라면, 실제 공제받은 금액과 구분해 보셔야 합니다.
농어촌특별세법 제5조는 조세특례제한법에 따른 세액공제·감면액을 과세표준으로 삼고, 제1호의 세율을 20%로 정하고 있습니다. 통합투자세액공제는 조세특례제한법상 세액공제이고, 확인되는 농어촌특별세 비과세 항목에 통합투자세액공제가 포함되어 있지 않아 일반적으로 농어촌특별세가 함께 발생합니다.
농어촌특별세는 해당 본세를 신고·납부할 때 함께 신고·납부하는 것이 원칙입니다. 법인이라면 법인세 신고·납부 때, 개인사업자라면 사업소득에 대한 소득세 신고·납부 때 통합투자세액공제의 실제 적용액과 농어촌특별세를 함께 확인하시면 됩니다. 다만 투자 자산·투자 시기 등 공제 요건을 충족하는지와 다른 비과세 사유가 있는지는 별도로 검토해야 합니다.