국고보조금 중 자부담금을 매입세금계산서로 발급받는 경우 어떻게 처리하나요?

국고보조금으로 구입대금의 일부를 지급하고 나머지를 자부담하더라도, 매입세액 공제 여부는 자금의 출처가 아니라 구입한 재화·용역의 사업상 사용과 세금계산서 등 증빙을 기준으로 판단합니다.

따라서 사업자가 과세사업에 사용할 재화·용역을 공급받고 적법한 매입세금계산서를 받았다면, 대금 중 자부담금만이 아니라 세금계산서에 기재된 부가가치세액을 매입세액으로 공제할 수 있습니다. 국고보조금이 대금의 일부 재원이라는 이유만으로 공제액을 자부담 비율만큼 제한하지는 않습니다.

• 과세사업에 사용: 사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 구입했고, 매입세액 불공제 사유가 없다면 공제 대상입니다.
• 면세사업 또는 부가가치세 과세대상이 아닌 사업에 사용: 그 사용에 해당하는 매입세액은 공제되지 않을 수 있습니다. 과세사업과 함께 사용하고 실제 사용을 나누기 어렵다면 공통 사용분의 구분·안분이 필요할 수 있습니다.
• 세금계산서 확인: 공급자·공급받는 자, 공급가액·부가가치세액, 작성연월일 등 주요 기재사항과 실제 거래 내용을 확인하고, 세금계산서 및 대금 지급 증빙을 보관하세요.

예를 들어 구입대금의 일부를 보조금으로, 일부를 사업자가 직접 부담했더라도 실제 거래 전체에 대해 세금계산서를 발급받았다면, 공제 판단은 자부담금만 따로 떼어 하지 않습니다. 다만 세금계산서가 실제 공급받은 금액과 다르거나, 구입한 물품이 면세·비과세 사업에 사용되는 경우에는 공제액이 달라질 수 있습니다. 부가가치세 매입세액 공제와 별도로, 보조금 정산에서 공제받은 부가가치세를 사업비로 인정하는지는 보조금 교부 조건에 따라 확인하셔야 합니다.