관급공사 준공 후 감사 결과 과대지급된 공사비를 반환해야 하는 경우, 마이너스 수정세금계산서를 발급해야 하나요?

감사 결과로 공사비를 돌려달라는 요청을 받았다는 이유만으로 바로 마이너스 수정세금계산서를 발급해야 하는 것은 아닙니다. 최종 공사대금 자체가 감액된 것인지, 이미 확정된 공사대금과 별도로 반환할 금액인지에 따라 달라집니다.

• 준공 정산이나 계약 변경으로 최종 공사대금이 실제로 줄어든 경우라면 공급가액 변동으로 볼 수 있습니다. 이 경우 줄어든 금액만큼 음(-)의 수정세금계산서를 발급하고, 작성일은 감액 사유가 확정된 날로 적습니다. 비고란에는 당초 세금계산서 작성일을 덧붙이며, 원칙적으로 사유가 발생한 달의 다음 달 10일까지 발급합니다. 해당 수정분은 감액 사유가 발생한 과세기간의 부가가치세 신고에 반영하는 방식입니다.
• 당초 세금계산서의 금액이 처음부터 잘못 기재된 것이라면 단순한 사후 공급가액 변동이 아니라 기재사항 착오 정정에 해당할 수 있습니다. 이 경우에는 당초분을 취소하는 음(-)의 세금계산서와 올바른 세금계산서를 함께 발급하는 방식이 원칙입니다.
• 반면, 공사대금은 그대로 두고 과다 지급분을 손해배상·위약금 등 별도 사유로 반환하는 것이라면 공급가액 감소로 단정할 수 없습니다. 감사 지적과 반환 요청만으로 수정세금계산서를 발급하지 마시고, 계약서·변경계약서·준공 정산서·감사 결과 및 반환 합의서에서 반환액이 최종 공사대금의 감액인지 확인하셔야 합니다.

부가가치세법 시행령 제70조제1항제3호는 계약 해지 등으로 공급가액에 추가·차감되는 금액이 생긴 경우 그 사유 발생일을 작성일로 하도록 규정합니다. 따라서 준공이 3월이었다는 사실만으로 작성일이나 발급기한이 정해지는 것은 아니며, 감액이 실제로 확정된 날짜를 기준으로 판단해야 합니다. 우선 발주기관의 반환 요청이 공사대금 감액을 확정하는 통지인지, 협의·정산이 더 필요한 요청인지 문서상 성격을 확인하시기 바랍니다.