특수관계인에게 지급하는 고문료의 시가는 어떻게 산정하나요?

특수관계인에게 지급하는 고문료는 실제 제공한 자문용역의 내용과 조건을 기준으로, 특수관계가 없는 업체에 지급할 금액과 비교해 시가를 정하는 것이 원칙입니다. 법인이라면 고문료가 시가보다 과도해 법인의 세금 부담을 부당하게 줄인 것으로 판단될 경우, 초과 지급액이 손금으로 인정되지 않을 수 있습니다.

시가를 정하는 순서

1. 비교 가능한 거래가 있는지 확인합니다. 같은 법인이 비슷한 업무·기간·책임 범위의 자문을 특수관계가 없는 사람이나 업체에 맡긴 가격, 또는 독립된 제3자 사이의 일반적인 거래가격이 있으면 이를 우선 참고합니다. 단순히 직함이 ‘고문’이라는 이유만으로 정액 보수를 정하기보다 실제 업무와 대가가 맞는지 살펴야 합니다.
2. 비교 거래가 없다면 용역 원가와 통상적인 이윤을 검토합니다. 제공 용역에 든 직접비와 간접비에, 특수관계가 없는 자에게 제공한 유사 용역의 수익률을 반영해 산정하는 방식이 참고될 수 있습니다. 계산 구조는 **용역 제공에 든 금액 × (1＋유사 용역의 수익률)**입니다. 유사 용역의 수익률은 매출액에서 원가를 뺀 금액을 원가로 나누어 산정합니다.
3. 고문료가 합리적인지 거래 실질로 뒷받침합니다. 계약서에 자문 분야, 제공할 업무, 기간, 보수 산정 기준을 적고, 실제 자문 내역·회의 기록·보고서·이메일과 지급 증빙을 보관하는 것이 좋습니다. 업무가 거의 없는데 매월 고정액을 지급하거나, 동일한 업무의 외부 보수보다 현저히 높은 경우에는 금액의 적정성을 설명하기 어려울 수 있습니다.

법인세법상 부당행위계산 부인은 특수관계인 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 줄였다고 인정될 때 적용되며, 판단 기준은 정상적인 거래에서 적용될 가격인 ‘시가’입니다. 시행령은 특수관계인에게 용역을 무상 또는 낮은 대가로 제공하는 경우뿐 아니라, 특수관계인에게서 용역을 시가보다 높은 대가로 제공받는 경우도 유형으로 정하고 있습니다. 따라서 회사(법인)가 특수관계인인 고문에게 지급하는 보수라면, 실제 자문 제공 여부와 금액 산정 근거를 함께 검토해야 합니다.

다만 질문자님이 개인사업자인지 법인인지, 고문이 어떤 특수관계인인지에 따라 적용 규정과 판단 범위가 달라질 수 있습니다. 개인의 사업소득 관련 거래에도 부당행위계산 규정이 적용될 수 있지만, 위 법인 기준을 그대로 적용한다고 단정할 수는 없습니다.