법인이 과세 세금계산서와 영세율 세금계산서를 모두 발행하는 것은 서로 다른 거래에 서로 다른 부가가치세 처리를 적용했기 때문일 수 있으며, 같은 거래에 두 장을 발행한 것이라면 발행 사유를 확인해야 합니다.
예를 들어 한 법인이 국내 거래처에 일반 과세 매출을 하고, 별도로 수출 요건을 갖춘 거래도 했다면 두 종류의 세금계산서를 각각 발행할 수 있습니다. 법인이라는 이유만으로 영세율이 적용되는 것은 아니며, 거래가 수출 등 법정 요건에 해당하는지가 기준입니다. 외국 고객에게 공급했다는 사실만으로 영세율이 되는 것도 아닙니다.
반대로 동일한 공급 건에 과세 세금계산서와 영세율 세금계산서를 각각 발행했다면, 거래 조건이나 발급 경위를 확인해야 합니다. 예컨대 국내 공급분을 영세율로 잘못 발행했거나, 영세율 요건이 충족되지 않았을 수 있습니다. 내국신용장·구매확인서 등을 통한 공급 등 별도의 요건이 적용되는 경우도 있으므로 계약서, 실제 공급 내용, 수출·외화 관련 증빙과 세금계산서의 작성일·공급가액을 함께 살펴보셔야 합니다.
영세율을 적용해 신고할 때는 거래 유형에 맞는 증빙서류를 신고서에 첨부해야 합니다. 필요한 서류를 내지 않은 부분은 신고로 인정되지 않을 수 있습니다. 따라서 두 장이 서로 다른 거래의 세금계산서인지, 같은 거래의 중복·정정 발행인지를 먼저 구분하는 것이 중요합니다.