수입원가에 가산했던 관세와 부가세가 사후환급으로 들어온 경우, 환급받은 금액만큼 수입원가에서 차감하는 것이 타당한가요?

관세가 수입원가에 포함되어 있다가 환급됐다면 환급된 관세만큼 원가를 줄이는 처리가 타당합니다. 부가가치세는 매입세액 공제·환급 대상이라면 원칙적으로 수입원가에 포함하지 않고, 이미 원가에 넣었다면 그 금액을 원가에서 빼고 매입세액으로 바로잡는 것이 적절합니다.

• 관세 환급분: 수입 당시 재고자산 원가에 포함한 관세가 환급된 경우에는 해당 재고의 장부가액을 줄입니다. 환급 시점에 재고가 이미 판매됐다면 재고자산을 줄이는 대신 매출원가 조정이 필요한지 검토해야 합니다. 환급액을 수입원가와 별개인 수익으로만 처리하면 당초 원가와 환급의 대응이 어긋날 수 있습니다.
• 부가가치세 환급분: 부가가치세법 제37조·제38조에 따라 사업용 수입재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하고, 매입세액이 더 많으면 환급세액이 됩니다. 따라서 공제받을 수 있는 수입 부가가치세는 통상 원가가 아니라 매입세액으로 처리합니다. 이미 원가에 가산했다면 그 금액을 원가에서 제거하고 매입세액 공제·환급으로 정리하는 방식이 맞습니다.

다만 부가가치세가 실제로 공제 가능한지는 사업용 사용 여부와 세금계산서·수입세금계산서 등 증빙, 공제 제한 사유에 따라 달라질 수 있습니다. 공제되지 않는 매입세액이라면 원가 처리 여부가 달라질 수 있으므로, 환급액을 관세와 부가가치세로 나누고 각 항목의 기존 장부처리 및 재고의 판매 여부를 맞춰 조정하셔야 합니다. 수수료가 환급액에서 차감되어 입금된 경우에도 환급액과 수수료를 구분해 기록하는 편이 좋습니다.