연말정산 과다공제로 2024년 귀속 연말정산을 수정할 때, 근로자가 직접 종합소득세 수정신고를 하면 원천징수의무자인 회사는 가산세를 부담하지 않나요?

근로자가 직접 종합소득세를 수정신고하더라도, 회사(원천징수의무자)의 가산세가 자동으로 없어지는 것은 아닙니다. 근로자의 추가 납부와 회사의 원천징수·납부 의무는 별도로 검토해야 합니다.

연말정산에서 공제를 과다하게 적용해 세금이 덜 원천징수·납부된 경우, 회사가 정산·납부를 바로잡지 않았다면 회사에 원천징수 관련 가산세가 문제 될 수 있습니다. 근로자가 세무서에 직접 수정신고하고 추가 세금을 납부했다는 사실만으로 회사의 의무 위반이 당연히 면제되지는 않습니다. 제공된 해설과 판례도 근로자가 직접 수정신고하더라도 원천징수의무자의 가산세가 남을 수 있다는 취지입니다.

다만, 근로자가 해당 소득을 종합소득세 신고에 포함해 세금을 이미 신고·납부했거나 세무서가 근로자에게 직접 세금을 부과·징수한 경우에는, 일정한 요건 아래 회사에 소득세 본세가 아니라 가산세만 징수될 수 있습니다. 따라서 ‘근로자가 냈으니 회사는 아무 부담이 없다’고 단정할 수 없고, 회사의 원천징수 누락·과소납부 여부와 근로자의 실제 신고·납부 여부를 함께 확인해야 합니다.

2024년 귀속분이라면 회사는 연말정산 자료와 실제 공제 요건을 확인하고, 과다공제가 확인되면 회사 명의의 원천징수 신고·지급명세서 정정 및 추가 납부가 필요한지 검토해야 합니다. 근로자는 본인의 종합소득세 신고에 해당 근로소득과 정정된 세액이 반영됐는지 확인해야 합니다. 수정신고에 따라 추가 납부세액이 생기면 그 세액뿐 아니라 적용될 수 있는 가산세도 따져야 하며, 가산세율은 과다공제의 경위와 신고·납부 시점에 따라 달라질 수 있어 여기서 일률적으로 확정하기 어렵습니다.

특히 근로자가 허위 자료 제출 등 부정한 방법으로 공제를 받은 경우와 단순 착오로 공제가 잘못된 경우는 가산세 판단이 달라질 수 있습니다. 회사가 근로자의 신고 내용만 받아 처리했는지, 오류를 알았거나 확인할 사정이 있었는지도 사실관계에 따라 검토해야 합니다. 회사가 수정신고를 진행하는 경우에는 당초 신고 내용과 정정 내용, 근로자의 신고·납부 자료를 맞춰 가산세 부담 주체와 금액을 확인하시기 바랍니다.