도급계약이 부가가치세 과세대상이고 계약금액에 부가가치세가 포함된 금액이라면, 세금계산서에는 공급가액과 부가가치세를 분리해 적으시면 됩니다.
예를 들어 총 도급대금이 1,100,000원이고 부가가치세 포함 여부가 불분명하다면, 공급가액은 1,000,000원, 부가가치세액은 100,000원으로 적습니다. 세금계산서에는 이 금액과 함께 공급자·공급받는 자의 등록번호, 공급가액·세액, 작성 연월일 등 필요적 기재사항을 기재해야 합니다.
다만, 과세 거래인데도 당사자가 부가가치세를 별도로 받을 수 있으면서 이를 포기하고 공급가액만 받은 경우나, 과세 거래를 면세·영세율 거래로 잘못 보아 공급가액만 받은 경우에는 단순히 ‘포함 여부가 불분명한 경우’로 처리하지 않을 수 있습니다. 세금계산서의 분리 기재는 세법상 계산 방법이며, 계약상 상대방에게 부가가치세를 추가 청구할 수 있는지는 계약 문구와 합의 내용에 따라 별도로 판단해야 합니다.