법인이 사업을 포괄양도하고 권리금을 받더라도 개인의 기타소득으로 처리해 8.8% 원천징수하는 것은 아닙니다. 법인이 받은 대가는 법인세 계산에 반영하며, 부가가치세상 포괄양도 요건을 충족하면 사업양도 자체는 재화의 공급으로 보지 않습니다.
개인사업자가 영업권 대가를 받는 경우와 달리, 법인은 법인세 납세의무자입니다. 따라서 권리금이라는 이름만으로 개인 기타소득 원천징수 절차를 적용하지 않습니다. 법인세법 시행령 제11조는 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액을 수익에 포함하도록 정하고 있으므로, 권리금 대가도 법인의 수익·자산 처분 관련 세무계산에 반영해야 합니다. 다만 최종적으로 과세소득에 반영되는 금액은 계약상 권리금의 성격, 법인 장부에 계상된 자산의 장부가액과 세무상 처리 등에 따라 달라질 수 있습니다.
부가가치세는 별도로 판단합니다. 사업장별로 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 사업양도라면 원칙적으로 재화의 공급으로 보지 않습니다. 미수금·미지급금 및 사업과 직접 관련 없는 토지·건물 등은 일정 요건 아래 제외할 수 있지만, 계약서에 ‘포괄양수도’라고 적는 것만으로 요건이 충족되는 것은 아닙니다. 요건을 갖추지 못하면 시설·재고 등 개별 자산의 공급에 대해 부가가치세와 세금계산서 발급 여부를 따져야 합니다.
따라서 계약서와 회계처리에서는 사업양도 대가와 권리금의 구성·금액을 구분하고, 권리금이 영업권인지 시설·비품 대가인지를 확인해 법인의 장부와 법인세 신고에 반영하시는 것이 중요합니다. 이 답변은 법인이 양도인이고 개인이 양수인인 경우를 전제로 합니다.