공익법인이 세법상 비영리내국법인이라면 청산소득에 대한 법인세는 과세되지 않습니다. 다만, 청산하는 동안 수익사업에서 발생한 소득에는 별도로 법인세가 과세될 수 있습니다.
여기서 중요한 것은 ‘공익법인’이라는 명칭만이 아니라, 해당 법인이 법인세법상 비영리내국법인에 해당하는지입니다. 비영리내국법인은 영리 내국법인과 달리 청산소득 법인세 납세의무가 없습니다. 따라서 잔여재산을 정리·분배하면서 생기는 청산소득 자체에는 법인세를 부담하지 않는 것이 원칙입니다.
다만 청산 절차 중에도 종전 사업을 계속하거나 임대·수익사업 등을 하여 소득이 발생하면, 그 소득은 청산소득과 별개로 해당 사업연도의 법인세 과세 대상이 될 수 있습니다. 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 수익사업과 그 밖의 사업의 자산·부채·손익을 구분해 기록해야 합니다.
실무적으로는 법인 정관과 설립 근거, 법인세상 비영리내국법인 해당 여부를 확인하고, 청산기간 중 수익사업 소득이 있다면 해당 소득의 신고·납부 여부를 따로 검토하셔야 합니다. 영리 내국법인이라면 청산소득 법인세가 과세될 수 있으므로, 공익법인이라는 표현만으로 비과세를 단정해서는 안 됩니다.
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