임대사업을 하는 법인 사업자가 농업용 저온창고를 구매하여 면세사업자에게 임대할 경우, 매출 발행 시 계산서를 발행해야 하나요?

농업용 저온창고를 임대하는 거래라면, 통상 계산서가 아니라 부가가치세가 포함된 세금계산서를 발급합니다. 임차인이 면세사업자라는 이유만으로 창고 임대료까지 면세가 되지는 않습니다.

「부가가치세법」상 사업자가 과세되는 용역을 공급하면 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하는 것이 원칙입니다. 주택 임대용역은 일정 요건에서 면세되지만, 저온창고는 주거용 주택이 아니므로 그 주택 임대 면세 규정이 적용되지는 않습니다. 창고가 농업용으로 쓰인다는 사정만으로 임대용역이 면세되는 것도 아닙니다.

따라서 법인이 저온창고 자체를 임대하고 임대료를 받는 일반적인 경우에는 임대료에 대한 세금계산서를 발급하는 쪽으로 처리하시면 됩니다. 다만 실제 계약이 창고 건물 임대가 아니라 토지만 임대하는 거래이거나, 별도의 면세 특례가 적용되는 거래라면 판단이 달라질 수 있으므로 계약 대상과 임대료 항목을 확인하셔야 합니다.