중간예납한 소득세는 비용으로 처리하는 것이 아니라, 다음 해 종합소득세 확정신고에서 이미 납부한 세액으로 공제합니다.
종합소득세 신고 때 해당 연도의 소득을 합산해 세액을 계산한 뒤, 중간예납세액과 원천징수세액 등 이미 낸 세액을 빼고 최종 납부액이나 환급액을 정합니다. 따라서 중간예납액이 있다고 해서 그 금액만큼 과세소득이 줄어드는 것은 아닙니다.
소득세법 제76조제3항은 확정신고납부 때 제65조에 따른 중간예납세액을 공제하도록 정하고, 제85조제4항은 일정한 선납세액이 종합소득 총결정세액을 초과하면 초과액을 환급하거나 충당하도록 정합니다. 일반적인 종합소득 확정신고·납부 기한은 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지이며, 공휴일 등에 따른 기한 조정이나 성실신고확인 대상자의 별도 기한은 해당 과세연도 기준으로 확인해야 합니다.
신고할 때는 납부한 중간예납액이 신고서에 제대로 반영됐는지 확인하시고, 고지·납부 내역과 신고서상 기납부세액이 다르면 납부 내역을 대조해 보시는 것이 좋습니다. 개인지방소득세는 소득세와 별도로 신고하는 세목이므로, 위 설명은 종합소득세의 중간예납액 공제에 관한 것입니다.