주사업장 총괄납부 사업자의 경우 소득세 납부를 각 사업장별로 각각 하나요?

주사업장 총괄납부를 하더라도 종합소득세를 사업장마다 따로 납부하는 것은 아닙니다. 총괄납부는 부가가치세의 납부·환급을 모아 처리하는 제도이고, 소득세 납세지는 별도로 판단합니다.

개인 거주자는 원칙적으로 주소지 관할 세무서에 소득세를 신고·납부합니다. 여러 사업장에서 사업소득이 발생하면 사업장별로 소득을 구분해 장부와 증빙을 관리하되, 개인의 종합소득세 신고에서는 해당 소득을 합산해 신고하는 방식입니다. 따라서 주사업장 총괄납부 승인만으로 소득세 신고·납부가 주사업장으로 바뀌거나, 각 사업장에서 소득세를 각각 납부하게 되는 것은 아닙니다.

다만 직원 급여 등에서 떼는 원천징수 소득세는 별도입니다. 법인이 원천징수하는 경우 원칙적으로 본점 소재지가 납세지지만, 지점이 독립채산제로 독자적으로 회계처리하는 경우에는 그 지점 소재지가 납세지가 될 수 있습니다. 이는 주사업장 총괄납부 여부가 아니라 원천징수 주체와 지점의 회계처리 방식에 따른 구분입니다.

개인사업자라면 사업장별 장부·증빙을 정리한 뒤 주소지 기준으로 종합소득세 신고를 검토하시고, 법인 사업장의 급여 원천징수라면 지점의 독립채산제 여부를 따로 확인하셔야 합니다.