사업자등록증이 각각 있다는 사실만으로 두 사업장 모두 창업중소기업 세액감면을 각각 받을 수 있는 것은 아니며, 실제로 별개의 신규 창업인지에 따라 달라집니다.
「조세특례제한법」 제6조는 사업 확장이나 기존 사업에 다른 업종을 추가한 경우처럼 새로운 사업을 처음 시작한 것으로 보기 어려운 경우를 창업에서 제외합니다. 따라서 같은 대표자가 같은 장소에서 샵인샵으로 사업자등록을 각각 했더라도, 한 사업의 공간·시설·인력·고객이나 운영을 나누어 등록한 것에 그친다면 두 번째 사업은 별도 창업으로 인정되기 어려울 수 있습니다. 사업자등록증이 나뉘어 있는지는 판단 요소 중 하나일 뿐, 그 자체로 감면 자격을 보장하지 않습니다.
반대로 두 사업이 각각 실질적으로 독립된 사업이고, 각 사업이 감면 대상 업종으로 새로 시작했으며, 중소기업 요건 등 나머지 감면 요건도 충족한다면 각각 적용 가능성을 검토할 수 있습니다. 같은 장소라는 이유만으로 자동 배제된다고 단정할 자료는 없지만, 샵인샵은 사업을 실제로 분리해 운영하는지에 대한 사실관계가 중요합니다.
판단할 때는 각 사업의 매출·비용을 구분해 관리하는지, 시설·재고·직원·계약과 영업이 독립적인지, 한 사업이 다른 사업의 단순 확장이나 부수업무인지 등을 확인하셔야 합니다. 형식상 등록만 나뉘고 실제 운영이 하나라면 감면이 부인될 위험이 있습니다. 감면을 적용하려면 과세표준 신고와 함께 세액감면 신청을 해야 하며, 신고 전 두 사업의 창업 경위와 실제 운영 자료를 갖춰 각각의 요건을 검토하시는 것이 안전합니다.