지방소득세 특별징수분은 고지서로 걷는 일반 지방소득세와 달리, 소득을 지급하는 사람이 원천징수와 함께 걷어 납부하는 세금이어서 소액징수면제 대상에서 명시적으로 제외됩니다.
「지방세법」 제103조의60은 특별징수하는 지방소득세를 제외한 지방소득세의 세액이 2,000원 미만이면 징수하지 않는다고 정합니다. 따라서 이 2,000원 기준은 고지서 등으로 납부하는 지방소득세에 적용되며, 급여·이자 등에서 원천징수와 동시에 떼는 특별징수분에는 적용되지 않습니다.
특별징수분은 소득세나 법인세를 원천징수할 때 그 세액의 **10%**를 지방소득세로 함께 징수하는 방식입니다. 개인의 소득에 대한 특별징수세액은 원칙적으로 징수한 달의 다음 달 10일까지 납세지를 관할하는 지방자치단체에 납부합니다. 법인의 원천징수 대상 소득에 대한 법인지방소득세 특별징수도 징수한 달의 다음 달 10일까지 납부하는 구조입니다. 즉, 세액이 작다는 이유로 특별징수한 금액을 임의로 제외할 수 있는 규정이 아니라, 지급 단계에서 정해진 방식으로 걷어 정해진 기한에 납부하는 세금입니다.
실무적으로는 특별징수분 지방소득세가 2,000원 미만이어도 그 금액만을 이유로 면제하지 않습니다. 다만 실제로 원천징수할 소득세·법인세가 발생하는지, 적용할 원천징수액이 얼마인지는 해당 소득의 종류와 원천징수 계산에 따라 별도로 판단해야 합니다. 특별징수의무자가 징수했거나 징수해야 할 지방소득세를 기한까지 납부하지 않거나 적게 납부하면 가산세가 문제될 수 있습니다.